Alábbiakban bemutatjuk a  hidrobiológus képzés szempontjából legfontosabb gyakorlati helyiségeket és szaklaborokat és az alapvető kutatási eszközparkot.

Hidrobiológiai és Hidrológiai laboregyüttes (D/006): A kutatási és oktatási célokat egyaránt szolgáló laboratórium-együttes kialakítása 2013-2014 folyamán megtörtént a TIOP-1.3.1-10/1 pályázat keretében elnyert labor- és eszközfejlesztési támogatásból.

a) Mesterséges patak labor (Hidrobiológiai tanszék): Egy különálló helyiségben kapott helyet az országban és Közép-Európában is egyedülálló 8×2,4 méter alapterületű „mesterséges patakként" működtethető átfolyóvizes mederrendszer. A rendszer 12 nagyteljesítményű forgatószivattyúval, elektronikus vízhozam-szabályozással működtethető, a szabályozható körülményeket napfénycsövek és légkondicionálás biztosítja. A rendszer sokoldalú kombinálhatósága [akár 3 párhuzamos meder, a mederalakulat, az üledés mennyiség és minőség, a vízhozam (10-1200 l/perc, max. 5% eltérés, PLC vezérlés, automata és manuális üzemmód) és becsúsztatható oldalfalakkal a meanderezés nagyfokú alakíthatósága] lehetőséget biztosít a teljesség igénye nélkül: mikrohabitat-szelekciós vizsgálatokra, biotikus interakciók (pl. inter- és intraspecifikus kompetíció) vizsgálatára a legkülönfélébb élőlénycsoportokkal és kombinációkban, szennyezés-tolerancia vizsgálatokra, vízminőség monitorozó tesztek kialakítására, produkcióbiológiai vizsgálatokra, avarlebontás-aprózás vizsgálatára. Oktatási felhasználása is sokrétű, pl. a fenti témakörökre rövid és hosszú lefutású laborkísértetek tervezhetők gyakorlati keretek között, valamint diplomamunka és diákköri témák kimeríthetetlen tárházát biztosítja. A laborban szintén helyet kapott három darab 650 literes állóvizes akvárium, amelyekben szintén különböző célú és összeállítású kísérletek tervezhetők.

b) Áramlástani terepasztal labor (Földrajzi Intézet): A 4×2,66 méter alapterületű, 6 db külön-külön emelhető négyzet alakú elemből álló áramlástani terepasztal alapvetően modellezési funkciót lát el. Alkalmas a felszíni lefolyás modellezésére, mederfejlődési, valamint az ártereken bekövetkező felszínmorfológiai folyamatok vizsgálatára a gravitációs potenciálkülönbség és felszíni médium minősége függvényében, valamint a csapadék-lefolyás-beszivárgás viszonyának megállapítására. Oktatási célú felhasználása elsősorban hidrológiai témájú tárgyak gyakorlatai esetén lehetséges.

c) Terepi és laboratóriumi mérőműszerek (Hidrobiológiai tanszék): A labor e részének „lelke” egy komplett, terepen és laborban is használható, a víz fizikai és kémiai paramétereinek korszerű mérését, monitorozását lehetővé tevő eszközpark, amely a kisebb eszközökön kívül magában foglal egy YSI Exo2 multiparaméteres vízminőség monitorozó rendszert, egy Nanocolor VIS hordozható fotométert, Nanocolor Vario C2 thermoblokkot és egy Sontek Flowtracker Doppler 3D vízsebességmérőt. Az eszközök segítségével terepen és/vagy laboratóriumban több mint 100 vízminőségi paraméter korszerű mérésére nyílik lehetőség. Oktatási felhasználása mind terepen, mind laborban megoldott, jól kiegészíti számos gyakorlati kurzus anyagát.

Makroszkopikus vízi gerinctelenek kutatólabor (C/209, Hidrobiológiai Tanszék): Ez a kis alapterületű, egyszerre 8 fő befogadását biztosító labor a kutatási feladatokkal párhuzamosan elsősorban diákköri munkát, diplomadolgozatot készítő hallgatók számára ad lehetőséget a munkára. A laborban 3 kutatómikroszkóp (Leica Wild M420, Leica Wild M3Z, Leica MZ6, Zeiss KL1500lcd és Intralux 4000, 6000-1 hidegfényforrások, c-mount optikai közdarabok, Nikon Coolpix 4500 digitális fényképezőgépek) és számos kisebb binokuláris preparáló mikroszkóp segíti az identifikációs munkát. Emellett további kisebb laboratóriumi és terepi eszközök (gyűjtőhálók, kotróhálók, üledékmintavevők, válogatóeszközök, stb.), valamint két számítógép is megtalálhatók a labor felszerelései között, amelyek használatával a mintaválogatástól a határozáson át az eredmények értékeléséig lehetőséget biztosít a munkához.

Zootaxonómiai és ökológiai kari gyakorlólabor (A/301, Ökológiai Tanszék): Egyidejűleg 15 fő befogadására alkalmas gyakorlólabor, a taxonómiai és az általános vízvizsgálati gyakorlatok helyszíne, melynek felszerelései közül a képzés számára a legfontosabbak: klasszikus vízvizsgálatok anyag- és eszközkészlete (üvegeszközök, vegyszerek, elszívófülke, spektrofotométer, lángfotométer stb.) valamint 12 db binokuláris hallgatói sztereómikroszkóp.

Természetföldrajzi és Talajtani laboratórium (A/508, Földrajzi Intézet): A Hidrofizika, Hidrológia és Hidrogeográfiai gyakorlatok színtere. 2009-ben a Környezettudományi és a Földrajzi Intézet közösen e laboratóriumot teljesen felújította és eszközkészletét fejlesztette. A labor felszerelése a teljesség igénye nélkül: csapadék mérőállomás talajnedvesség-mérő rendszerrel (4 mérőfej), hidrogeológiai kúttesztek végzésére alkalmas szett: aggregátor, mélykútszivattyú, vízhozam-mérő, Dataqua vízszintingadozás-mérő műszerek (3 db), pF görbe (talaj vízvisszatartó képesség) meghatározására alkalmas box, harmatpont-mérő készülék, valamint talajtani vizsgálatok teljes eszközkészlete.

Hidroökológiai laboratórium és Ökológiai műszeres laboratórium (A/318-319, Hidrobiológiai Tanszék): A labor rendelkezik a Hidromikrobiológiai és Hidrotoxikológiai gyakorlatok végzéséhez szükséges minden felszereléssel: steril fülkével, membránszűrő rendszerrel, aerob és anaerob laboratóriumi   termosztátokkal, OXITOP rendszerrel biológiai oxigénigény és mikrobiális légzés mérésére,  spektrofotométerrel enzimvizsgálatokhoz, AAS készülékkel a vizek fémtartalmának vizsgálatához, sejtfeltáró bedbeater készülékkel, fehérje és DNS futtató gélelektroforézis készülékkel, a Biológiai Intézet laborjaiban PCR használati lehetőséggel.

A Hidrobiológus képzés bizonyos tárgyainak gyakorlati oktatása partnereink laboratóriumaiban zajlik:

A PTE PMMK kémiai, környezetvédelmi méréstechnika és környezettechnológia laboratóriumai: A laboregyüttesben elsősorban a nagyműszeres mérésekre és a szennyvízkezeléssel kapcsolatos mérésekre kerülhet sor: legkülönfélébb ionok koncentrációjának mérése, TOC, AOX, BTEX meghatározás, kamrás szűrőprés kisminta kísérlete, oxigén elnyeletés töltött abszorberen, diffúzoros levegőztetés vizsgálata, kevert reaktor konzervatív nyomjelző anyag vizsgálata, anaerob és aerob biodegradációs vizsgálatok, szivárgáshidraulikai mérések, flokkulációs és ülepedési vizsgálatok, szűrési kísérletek mélységi szűrőn, iszapvíztelenítési vizsgálatok, komplex vízkezelő kísérleti és szemléltető rendszerrel (aktívszén szűrő, aktivált töltetes szűrő, homoktöltetes szűrő, RO-berendezés, kontakt és forgató tartályok, ioncserélő oszlop) kapcsolatos vizsgálatok. Kapcsolódó eszközök (a teljesség igénye nélkül): pozitív nyomású szűrőkészülék membránszűrővel, kompresszorral, mikrohullámú roncsoló (extrakcióra is alkalmas), automata titrátor, laboratóriumi és terepi multiméterek, fotométerek, UV-VIS spektrofotométerek, izzító kemence, szárítószekrények, TOC, AOX, hordozható microGC, GC, AAS, ICP-OES, DSC, lézeres részecske-meghatározó készülék.

Egyes tárgyak (pl. Vízi anyagforgalom és produkcióbiológia, Algológia és zooplankton) oktatása az MTA ÖK Balatoni Limnológiai Intézetében történik a tömbösített rendszerű félévek során. Az intézetben a hidrobiológiai kutatómunka teljes eszközparkja hozzáférhető a mintavételi eszközöktől az mintaelőkészítés eszközein át az analitikai nagyműszerekig.

A Természettudományi Kar további laboratóriumai, melyek egy része szintén a képzés szolgálatában áll, elsősorban a kötelezően választható tárgyak oktatásában:

Hallgatói laborok: további 22 gyakorlati helyiség (élettan, mikrobiológia, genetika, növényélettan, ökofiziológia, növényszervezettan, növényrendszertan, analitikai kémia, szervetlen kémia, fizikai kémia, műszeres analitika stb.)

Kutató laborok: további 12 kutatólabor (mikrobiológia, genetika, növényszervezettan, zootaxonómia, szervetlen kémia, analitikai kémia stb.), valamint mérlegszobák, előkészítők, könyvtárak.