A Pécsi Tudományegyetem Hidrobiológus mesterszakának elvégzése után a hallgatók számos olyan munkakörben tudják hasznosítani tudásukat, ahol a felszíni és felszín alatti vizekben zajló folyamatok részletes ismerete elengedhetetlen. Elhelyezkedésük lehetséges többek között az MTA vagy más szervezetek által működtetett kutatóintézetekben, államigazgatásban, minisztériumoknál, vízügyi szerveknél, természet- és környezetvédelmi szerveknél, ÁNTSZ hálózatában, civil szervezeteknél, múzeumokban, vagy a magánszférában szinte bármely cégnél, vállalkozásnál, amely vízhasználati vagy kibocsátó ipari/mezőgazdasági tevékenységet végez (környezetvédelem, hulladék elhelyezés, vízszolgáltatás, szennyvízkezelés, biotechnológia, egészségipar, gyógyszergyártás, energiaipar, halászat, állattenyésztés, növénytermesztés, élelmiszeripar stb.). Minden olyan feladat, munkakör ellátására eséllyel pályázhatnak a végzett hallgatók, amely a vízhasználattal, vízszennyezésekkel, vízbázis védelmének kérdéseivel kapcsolatos esetekben igényel szakmai szakértői tevékenységet.

A hallgatók – amennyiben a továbbtanulás mellett döntenek – a diploma megszerzése után felvételüket kérhetik a doktori (PhD) képzési programokba (akár a PTE, akár más egyetemek doktori iskoláiban). Ez kiemelten fontos lehetőség a szakmai-kutatói utánpótlás biztosítására, hiszen mind a felsőoktatási intézmények mind a kutatóintézetek számára egyre fontosabb, hogy személyi állományukban igen magas legyen a minősített oktatók-kutatók aránya. Emellett a doktori fokozat megszerzése a munkaerőpiacon további előnyt jelenthet, hiszen az államigazgatásban és a magánszférában is egyre inkább mutatkozó tendencia a vezető beosztású munkatársak tudományos fokozatszerzésének elvárása. A doktori képzések mellett felvételüket kérhetik felsőfokú szakképzésekre is (pl. halászati szakmérnök).

Bár kiemelten fontosnak tartjuk a hazai szakemberek tudásának Magyarországon történő hasznosítását, a külföldi tapasztalatszerzés nagyban növelheti a szaktudást és a gyakorlatot, így mindenképpen fontos lehetőség a diploma (vagy akár a doktori fokozat) megszerzése után a külföldi munkavállalás, melyre hallgatóink szintén kiváló eséllyel pályázhatnak.